Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 KANK2-207ENST00000589894 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIG1P18858 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIG1P18858 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.4 ms