Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CHMP3Q9Y3E7 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.8 ms