Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 ACBD5-202ENST00000375897 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms