Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 IMPDH1-203ENST00000354269 2580 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 NYAP1-201ENST00000300179 3581 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TRAF3-202ENST00000351691 2239 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ZBED1-201ENST00000381218 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 C20orf166-AS1-203ENST00000475015 2585 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC39Q9UFE4 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.9 ms