Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC022217.1-201ENST00000521069 738 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ZNRD1ASP-217ENST00000437417 1497 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CHAT-212ENST00000640822 1412 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 NFYC-202ENST00000372651 1202 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ALG1L2-201ENST00000425059 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC008438.1-201ENST00000507521 549 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MIR4783-201ENST00000580343 82 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 NKG7-204ENST00000595217 816 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ACTR2-205ENST00000542850 1429 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC091046.1-201ENST00000331871 207 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC012506.3-201ENST00000415245 892 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 DGUOK-AS1-202ENST00000439192 563 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 IMP3P2-201ENST00000489760 475 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MAGEA4-205ENST00000393920 1721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 AL662890.1-201ENST00000396818 632 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 TPT1-AS1-203ENST00000412946 744 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms