Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LIMCH1Q9UPQ0 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms