Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC4P09017 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms