Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 COX4I1-201ENST00000253452 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CYP46A4P-201ENST00000414953 267 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL720P-201ENST00000488178 304 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC124301.1-201ENST00000524885 602 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CYGB-203ENST00000589145 788 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 KLK11-201ENST00000319720 1198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 LINC01668-201ENST00000635001 513 ntTSL 4 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TMEM205-216ENST00000593256 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SIRT2-219ENST00000613542 1170 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CPA5-201ENST00000393213 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AP001790.1-201ENST00000511947 570 ntTSL 4 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 AC020763.1-201ENST00000567186 551 ntTSL 4 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms