Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 CMTM5-203ENST00000359320 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 IGLJ3-201ENST00000390324 176 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC026316.1-201ENST00000398900 414 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 KRT18P66-201ENST00000452970 1269 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 EFCAB10-201ENST00000460135 717 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 LINC02046-201ENST00000469812 378 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AL353770.1-201ENST00000614915 403 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC103691.2-201ENST00000618824 433 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC104667.2-202ENST00000452801 1301 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 TCEAL6-201ENST00000372773 983 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 NME2-204ENST00000503064 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC013355.1-201ENST00000562625 723 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ZSCAN10-205ENST00000572548 618 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC006064.4-201ENST00000602946 422 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC009084.3-201ENST00000623356 437 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 KRT8P29-201ENST00000420409 1371 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HLA-CQ95604 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms