Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.7 ms