Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SDC1P18827 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.4 ms