Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VIMP08670 ABR-228ENST00000574437 3196 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VIMP08670 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VIMP08670 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VIMP08670 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VIMP08670 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VIMP08670 CYP26A1-202ENST00000371531 2245 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VIMP08670 BVES-201ENST00000314641 5567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VIMP08670 ZNF664-202ENST00000392404 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VIMP08670 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VIMP08670 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VIMP08670 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VIMP08670 UVRAG-201ENST00000356136 4123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VIMP08670 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VIMP08670 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VIMP08670 PI4K2A-201ENST00000370631 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 KIAA0895L-202ENST00000561621 3500 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 SEZ6L-209ENST00000529632 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 DHX36-213ENST00000496811 6733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 GPN1-201ENST00000264718 2496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 SFMBT1-201ENST00000394752 4548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 WWC2-201ENST00000403733 8826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 UBE3A-204ENST00000438097 8939 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 STARD8-202ENST00000374597 4820 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 UNC5A-201ENST00000329542 3812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 TIE1-201ENST00000372476 3882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 FRMD5-201ENST00000402883 4091 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 MSI1-201ENST00000257552 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 PML-208ENST00000436891 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 KNDC1-201ENST00000304613 6793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 FBN3-205ENST00000600128 9362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VIMP08670 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 IL21R-AS1-201ENST00000563191 2615 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 ATE1-203ENST00000369043 4900 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 PPM1B-205ENST00000409432 3025 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 DUSP27-201ENST00000271385 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 PURA-201ENST00000331327 11497 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 DCUN1D4-202ENST00000381441 4207 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 ZBED1-202ENST00000381222 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 RPP14-202ENST00000445193 7985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 KIF3C-201ENST00000264712 5344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 PKN2-201ENST00000316005 2632 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 RBPMS-201ENST00000287771 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 ABCG1-201ENST00000343687 3037 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 RAF1-201ENST00000251849 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VIMP08670 JPH1-201ENST00000342232 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms