Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms