Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 DIRAS2-201ENST00000375765 4386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CCDC50-201ENST00000392455 8429 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 COL7A1-201ENST00000328333 9276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 99.6 ms