Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AC015818.8-201ENST00000587907 1519 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 BEX5-201ENST00000333643 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 PRKAR2A-AS1-203ENST00000431705 592 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 NOC2LP1-201ENST00000450578 752 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 FABP5P3-202ENST00000477993 1027 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 PMP22-206ENST00000494511 872 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AC106744.2-201ENST00000513955 898 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AC103808.5-201ENST00000577797 462 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 ACYP1-201ENST00000238618 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 TNNT2-202ENST00000360372 969 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 CITED1-202ENST00000373619 886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 PFN2-202ENST00000423691 911 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AC016825.1-201ENST00000433600 778 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 TNNT2-214ENST00000458432 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 GMDS-AS1-212ENST00000534160 720 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AIPL1-211ENST00000576776 1190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 CTNNBIP1-201ENST00000377256 451 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AC079807.2-203ENST00000417692 656 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AL391832.2-201ENST00000418557 889 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AL354994.1-201ENST00000445967 194 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 TP53AIP1-201ENST00000458238 777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL9A1P20849 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms