Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SNHG17-201ENST00000413755 648 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 MIR5572-201ENST00000583188 137 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC097724.1-201ENST00000609581 426 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ELOA3C-201ENST00000620688 1218 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ZNF815P-201ENST00000421890 1352 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 IGLC7-201ENST00000390331 441 ntAPPRIS P1 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 PGAP2-224ENST00000490830 810 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 LY6G6C-202ENST00000495859 937 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CROCCP3-204ENST00000590118 574 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 MFSD11-218ENST00000591864 446 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AL451050.2-201ENST00000606967 682 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 LINC01002-220ENST00000632790 449 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ZNRD1ASP-217ENST00000437417 1497 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 HIST2H2AA3-201ENST00000369159 549 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87 ms