Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC39Q9UFE4 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC39Q9UFE4 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms