Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
RPUSD4Q96CM3 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms