Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
VPS53Q5VIR6 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS53Q5VIR6 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms