Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
SCN4AP35499 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SCN4AP35499 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms