Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 UCHL1-207ENST00000508768 827 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 MIR5572-201ENST00000583188 137 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 GEMIN7-204ENST00000591747 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 AC010323.1-201ENST00000598884 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 DYDC1-201ENST00000372202 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 AL021997.3-201ENST00000621053 557 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 IGF1-201ENST00000307046 1097 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 IGF1-203ENST00000392904 761 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 BHMT-206ENST00000524080 1207 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 MBP-227ENST00000526111 581 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
NPHP3Q7Z494 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC21.32■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 BEX2-201ENST00000372674 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 ARL16-201ENST00000397498 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 MPV17-204ENST00000399052 749 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 NKAIN1P1-201ENST00000435754 582 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms