Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC41A1-201ENST00000367137 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.8 ms