Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 LIAS-205ENST00000509519 1005 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms