Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 WIZ-207ENST00000599910 4609 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ELFN2-207ENST00000613079 8360 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms