Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 PCDHGB1-202ENST00000611598 2592 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TRIM45-201ENST00000256649 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 MARK4-202ENST00000300843 5209 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 SAFB-205ENST00000588852 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 GATA3-202ENST00000379328 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 ARFGAP1-203ENST00000370283 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 SPIDR-201ENST00000297423 3988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 ENDOD1-201ENST00000278505 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TRAF3-202ENST00000351691 2239 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 MOCS1-205ENST00000373195 2852 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC112Q8NEF3 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms