Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 DUSP13-208ENST00000478873 1335 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 DUSP13-202ENST00000372700 781 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 BMS1P17-203ENST00000444357 552 ntTSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC068152.1-201ENST00000575930 685 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC104982.3-201ENST00000581995 514 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 BMS1P22-203ENST00000609679 552 ntTSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 KLK11-201ENST00000319720 1198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 BX324167.1-201ENST00000451118 805 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 KRTAP10-13P-201ENST00000412914 571 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.9 ms