Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SHMT2P34897 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.9 ms