Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 NYNRIN-201ENST00000382554 7857 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 KLHL33-203ENST00000637228 5404 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 C9orf47-201ENST00000334490 4829 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms