Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms