Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
TREX1Q9NSU2 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
TREX1Q9NSU2 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
TREX1Q9NSU2 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
TREX1Q9NSU2 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
TREX1Q9NSU2 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
TREX1Q9NSU2 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
TREX1Q9NSU2 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
TREX1Q9NSU2 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
TREX1Q9NSU2 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms