Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms