Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
SP140Q13342 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
SP140Q13342 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
SP140Q13342 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms