Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 LDHBP1-201ENST00000455730 1119 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 MIR4706-201ENST00000582134 82 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AL358393.1-201ENST00000456771 532 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 MIR4722-201ENST00000578292 60 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC9Q9Y3X0 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SPAG5-AS1-203ENST00000554154 491 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms