Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
LIMD1Q9UGP4 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.9 ms