Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms