Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIMA1Q9UHB6 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms