Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
SOX4Q06945 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms