Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
SDC1P18827 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.2 ms