Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LHX3Q9UBR4 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms