Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.1 ms