Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC18.89■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
NUP88Q99567 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
NUP88Q99567 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.9 ms