Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL133523.1-201ENST00000554537 331 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms