Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC245052.4-201ENST00000452097 4158 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 FMR1-203ENST00000370470 1774 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 FMO5-201ENST00000254090 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 NYAP1-201ENST00000300179 3581 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AC139749.1-202ENST00000617529 3139 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 SERPINA3-203ENST00000467132 2660 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AP4E1-201ENST00000261842 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 TMED5-202ENST00000370282 6104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
CCDC112Q8NEF3 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms