Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CICP4-201ENST00000447359 2812 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 MBD1-212ENST00000585672 2532 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHRNEQ04844 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms