Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP53Q70EK8 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP53Q70EK8 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms