Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS53Q5VIR6 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS53Q5VIR6 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS53Q5VIR6 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms