Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHD9Q3L8U1 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHD9Q3L8U1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHD9Q3L8U1 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
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