Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC20.27■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.83
CHD3Q12873 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CHD3Q12873 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms