Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH3P20585 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH3P20585 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH3P20585 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH3P20585 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH3P20585 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH3P20585 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH3P20585 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
MSH3P20585 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH3P20585 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH3P20585 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH3P20585 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH3P20585 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH3P20585 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH3P20585 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MSH3P20585 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH3P20585 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH3P20585 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH3P20585 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH3P20585 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MSH3P20585 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH3P20585 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH3P20585 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH3P20585 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
MSH3P20585 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH3P20585 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH3P20585 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH3P20585 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH3P20585 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH3P20585 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH3P20585 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MSH3P20585 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH3P20585 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH3P20585 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH3P20585 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH3P20585 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH3P20585 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MSH3P20585 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH3P20585 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH3P20585 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH3P20585 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH3P20585 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH3P20585 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MSH3P20585 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
MSH3P20585 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSH3P20585 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSH3P20585 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSH3P20585 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
MSH3P20585 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH3P20585 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH3P20585 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH3P20585 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH3P20585 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH3P20585 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH3P20585 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH3P20585 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
MSH3P20585 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH3P20585 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH3P20585 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH3P20585 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH3P20585 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MSH3P20585 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH3P20585 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH3P20585 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH3P20585 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH3P20585 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH3P20585 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
MSH3P20585 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSH3P20585 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSH3P20585 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSH3P20585 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSH3P20585 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MSH3P20585 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH3P20585 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH3P20585 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH3P20585 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
MSH3P20585 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH3P20585 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH3P20585 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH3P20585 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH3P20585 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH3P20585 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MSH3P20585 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH3P20585 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH3P20585 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH3P20585 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH3P20585 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH3P20585 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MSH3P20585 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
MSH3P20585 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
MSH3P20585 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
MSH3P20585 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
MSH3P20585 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
MSH3P20585 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
MSH3P20585 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH3P20585 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MSH3P20585 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms