Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SOX4Q06945 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SOX4Q06945 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms